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Se a intenção for listar apenas arquivos e subdiretórios em que seus nomes obedecem a um determinado padrão, você pode fazer isso através do método newDirectoryStream(Path, String), que provê um filtro glob embutido. Se você não é familiarizado com a sintaxe glob, consulte a página What is a Glob, cujo endereço eletrônico se encontra no tópico Referências.
O exemplo a seguir lista os arquivos relacionados a Java: .class, .java, e .jar:
Para mais informações sobre como navegar no sistema de arquivos, consulte Walking the File Tree, cujo endereço eletrônico (que também se encontra nas referências) é: http://docs.oracle.com/javase/tutorial/essential/io/walk.html.
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